Los agentes del sistema de innovación son todos los organismos que articulan el conocimiento y desarrollo de una sociedad. En cada país y región son diferentes, particulares de cada territorio y adecuados a sus necesidades en investigación, desarrollo tecnológico e innovación.

Desde la perspectiva del desarrollo de la ciencia y la tecnología en un territorio, los agentes más relevantes son:

• Empresas.
• OPI's y Universidades.
• Infraestructuras I+D.
• Organismos de Innovación.
• Redes y actores sociales.